Как перейти на вёрстку макетов?

Данил Антошкин: еще это почитайте bem.info

Как исключить текущий адрес страницы из href?

Выложите код с помощью которого вы генерируете эти ссылки.

Необходим GUI и язык программирования под платформы windows, linux и android?

Например PyQt

Как реализовать такой момент: при загрузке например site.ru, что бы постоянно еще запускался мой js скрипт?

Все уже давно написано, поищите в магазине расширений браузера.