Есть 2 основных варианта. Первый как тут написано просто дергать скрипт через шелл, но нужно смотреть чтобы у пользователя под которым запущен пхп процесс были права доступа на запуск питон скрипта и параметры кидать через аргумент скрипта например в виде экранированного json.
Второе это в питоне сделать демона и ему в пхп через AMQP или redis очередь отправлять задачу, которую он будет обрабатывать и сохранять ответ.