FreeNAS сделан на FreeBSD так что настройки примерно такие же, но в свое время сталкивался что новых пользователей при ребуте не сейвил, только те которые есть изначально. Например поставил SQUID он создал соответствующую группу и пользователя, а после ребута их не было, пришлось в конфах указать nobody.