Sybe

Немного непонятна ваша проблема. Если вы уже вынесли helloWorld в отдельный файл, и всё работает, то какие проблемы с остальными файлами?

Выносите их точно так же:

// файл queries/getUsers.js

import { User } from '../../models/abracode';

export default async () => await User.find({}).exec();

И используйте точно так же:

// файл с инициализацией схемы

import getUsers from '../queries/getUsers';

export default {
    Query: {
        helloWorld, //всё работает!
        getUsers,   
    },
    ...
}