Переливайте бинарный дамп базы.
Как раз подобным занимаюсь в текущий момент, база >500Гб
если коротко:
на мастер-сервере
innobackup --stream=xbstream | nc 9999 # порт для примера
на новом сервере:
nc -l 9999 | xstream -x
как закончится переливка данных, на новом сервере делаете
innobackupex --no-timestamp -apply-log .
затем запускаете сервер, донастраиваете мастер-слейв реплику что бы догнать данные.
Выключаете старый сервер. Работаете на новом.
Из плюсов -- даунтайм только на момент переключения аппликейшена на новую базу
из минусов -- повышеная нагрузка на сеть и диски во время переноса данных