вот так:
#domain.com/user-66
RewriteRule ^(user\-)([0-9]+)$ /user.php?id=$2 [L]
#domain.com/user/66/
RewriteRule ^(user)/([0-9]+)/$ /user.php?id=$2 [L]
#user.domain.com
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([0-9a-z\-]+)\.domain\.com$ [NC]
RewriteRule ^$ /user.php?login=%1 [L]
Последний вариант с виртуальными поддоменами возможен только если у вас есть доступ к настройкам сервера.
