Я не использую CLion, но знаю что он использует cmake для проектов, а значит в нем работают механизмы cmake.
Так что вы просто можете добавить еще одну цель в cmakelists.txt. Возможно в CLion это можно сделать как-то потыкав мышкой. Обычно cmakelists.txt правится руками. Смотрите документацию по cmake, у них довольно толковая документашка.
Если программы как-то взаимосвязаны, то, возможно, есть смысл держать их в одном проекте. Но не обязательно.
Если нет, то это почти наверняка плохая идея.
