можно через inner join типа того
UPDATE table1 t1 JOIN table2 t2 ON t1.id = t2.id
SET t1.col1 = t2.col1, t1.col2 = t2.col2
или через подзапрос
UPDATE t1 SET col1 = (SELECT col1 FROM t2 WHERE id = t1.t2_id)
В php еще проще, делаешь запрос
$t2items = SELECT * FROM t2
потом foreach($t2items as $t2) по результатам и
UPDATE t1 ... WHERE t1.t2_id = t2.id
