https://stackoverflow.com/questions/10563619/error...
"Новые версии MySQL WorkBench имеют возможность изменять определенные таймауты.
Для меня это было в разделе «Редактировать» → «Настройки» → «Редактор SQL» → время ожидания подключения к СУБД (в секундах): 600
Изменено значение до 6000."
Либо еще ниже в теме были решения. Смотрели?