Просто так подменить не получится, но можно решить так:
1) скопировать папку с расширением в другое место, переименовать ее (например добавить приставку Mod, просто для понимания)
2) если внутри есть папка "_metadata" - удалить ее
3) зайти в manifest.json изменить имя расширения (например опять же добавив приставку Mod), изменить значение поля key добавив случайную цифру в значение
4) заменить-модифицировать нужные файлы
5) зайти в chrome://extensions/ включить режим разработчика, ткнуть "упаковать расширение" и выбрать папку с измененным расширением. Подтвердить, после чего в папке появится файл расширения crx
6) перетащить файл crx из папки на вкладку расширений и подтвердить установку