Чтобы избавиться от "битых" символов в сохранённом CSV-файле, следует вручную перекодировать кириллицу, и сохранить исходные данные в бинарный массив. Вот JS-функция, которую я использую для генерирования лабораторных отчетов в формате CSV:

// перехватываем событие message и вызываем нужную нам функцию
(function(p) {
    window.alert = function() {
        sData = arguments[0];       
        download(sData) 
    };
})(window.alert);

// функция скачивания файла на жесткий диск
function download(data) {                
         
         // делаем перекодировку кириллических символов
         var uint8 = new Uint8Array(data.length);
         for(var i = 0; i < data.length; i++) {
             x = data.charCodeAt(i);
             if (x >= 1040 && x <= 1103) { // Символы А..Я а..я
                 x -= 848;
             } else if (x == 1025) {   // Символ Ё
                 x = 168;
             } else if (x == 1105) {   // Символ ё
                 x = 184;
             }
             uint8[i] = x;
         }

         // имя сохраняемого файла
         filename = "lab_report.csv"     
    
         // сохраняем файл (в качестве данных - массив)
         var file = new Blob([uint8], {type: 'text/csv'});    

         if (window.navigator.msSaveOrOpenBlob) // IE10+
             window.navigator.msSaveOrOpenBlob(file, filename);
         else { // Others
             var a = document.createElement("a"),
                     url = URL.createObjectURL(file);
             a.href = url;
             a.download = filename;
             document.body.appendChild(a);
             a.click();
             setTimeout(function() {
                 document.body.removeChild(a);
                 window.URL.revokeObjectURL(url);  
         }, 0); 
    }
}