Была похожая задача встроить все .dll в один общий файл. Использовал разные способы от коммерческих разработок типа
SmartAssembly или
The Enigma Protector, до ручного встраивания библиотеки в конечный .exe файл.
Совершенно случайно познакомился с
Fody, в миг отказался от всего в пользу данной библиотеки, достаточно установить через Nuget и всё работает из коробки.
