Если у тебя один инстанс приложения FastAPI, то тут в фоне и запускай, а если планируется несколько, то лучше использовать отдельный сервис очередей(можно как напрямую, так и через оберку типа FastStream), чём развлекаться с расшариванием asyncio.Queue между ними.
Ну дык у вас запущенный в памяти инстанс скрипта висит - откуда ему знать что файл откуда он стартовал на диске изменился. А если он у вас как стартовый в контейнере висит - то по идее после изменения вам нужно контейнер перегружать, чтобы он с новыми изменения скрипт запустил.
