На правильном ли я пути к удалению ненужных функций из памяти во время выполнения кода?

Освободить память от функций не удастся. Выделение памяти под класс - это выделение памяти под его данные, а не под код.

То есть, если очень хочется заменить память нулями, то делать это нужно по указателям на функции, а не класс, в котором эти функции расположены?
Просто замена функций нулями или случайными байтами давала результат в виде невозможности найти эти функции во время выполнения основного процесса.

На правильном ли я пути к удалению ненужных функций из памяти во время выполнения кода?

код вполне может быть размещен в области памяти в которую запрещена запись.

Но ведь можно использовать VirtualProtect, чтобы снимать запрет на запись в участок памяти.