Jira для helpdesk не очень подходит. Во первых, в ней оплата от количества пользователей. Придётся заводить всех клиентов пользователями и платить за них. Иначе они не смогут видеть статус своих тикетов. Во вторых, все пользователи будут видеть все задачи.
Zendesk не плох.