Linux хостовая машина,
PhpStorm (плюсы: интегрируется с БД, sFtp, Vagrant, Composer, Git, Docker, SSH and more...),
Vagrant или Docker зависит от проекта (для своих сконфигурировал LEMP Doсker),
Git -куда же без контроля версий,
Composer - без менеджера пакетов конечно же тоже не обойтись,
Vim для редактирования в консоли или через SSH,
Codeception - для тестирования (мега крутая вещь, есть даже для JS)
CI Server - очень облегчает жизнь,
envoyer.io - деплоер.
Руки не из 5-ой точки, и свежая голова.
