Недостаточно просто выставить значения в веб интерфейсе, нужно в конфиге забикса /etc/zabbix/zabbix_server.conf раскоментировать строчки
HouseKeeperFrequency=X - где X периодичность чистки БД, у меня стоит 1 - значит каждый час чистит, смотри по свей БД возможно если нагрузка высокая можно поставить 8 (раз в 8ч)
и 2ю строчку ниже нужно раскоментить это
MaxHouseKeeperDelete=x - де X количество элементов которые система удаляет за 1 цикл чистки БД, у меня стоит 20000 (тоесть у меня система удаляет 20000 элементов каждый час) Если у тебя много метрики каждый час пишется допустим по 50000 то ставь число > тех значений которые у тебя пишет база в час например 55000. Но тут тоже нужно быть осторожным чтоб при очистке большого количества элементов ресурсов ЖД была достаточно для записи в БД