Есть ли недостатки использования цифрового пин кода для доступа к сайту вместо пароля?

Верно. Тем, кому нужно, предлагаю запоминать логин, пароль и пин. Использоваться будет либо пара логин+пароль (редко), либо логин+пин (часто). Пин не обязателен и служит только как средство ускорения доступа.
Про смс с кодом думали, но отвергли, т.к. у смс непредсказуемое время доставки сообщения, а в данной системе даже минута ожидания доступа это много. За это время можно было бы ввести пароль несколько раз.