Все зависит от шаблонизатора который используется в CMS. Но я так вижу у вопроса Тег Wordpress.
На Wordpress темы верстаются довольно легко.
Любая тема разбивается на стандартные блоки (шапка сайта, подвал, меню, панель боковая и т.д.). В соответствии этим блокам создаются файлы с названиями. Есть свои особенности, но они указаны в документации.
Вы поймите - одну и туже сверстанную Вами тему (шаблон) для разных CMS нужно "собирать" по разному в соответствии со своими правилами.
Для примера ссылка для Wordpress
Создание тем 
