kops edit/update нормально обновляет кластер.
Я б советовал обновлять по одной версии за раз и каждый раз проверять не слетело ли что-то в конфигах деплойментов и тд. У k8s api же меняется, и какая-нибудь ваша кастомщина может улететь в трубу.
В k8s 1.11 уже есть поддержка etcd3 - я бы начал с обновления etcd до рекомендованных 3.2.10+ и морально готовился править деплойменты.