Если уж так хочется держать тест на проде и боевых данным:
1. Папки с загружаемым контентом заменить на симлинки в общее хранилище. Тогда они будут везде доступны.
2. "боевую" версию выкладывать из гита конечно. Напишите маленький скриптец который сразу все делает - обновляет исходники, зависимости(composer/pip что у вас там) ну и накатывает миграции. Ну или используйте любой софт для деплоя.
3. На тестовую версию будет удобно сделать вытовыкат изменений с каждым коммитом. Используйте вебхуки для этого.
