В способе через ODBC от 1с нет почти ничего кроме источника данных... Запрос пишете так как писали бы его в mysql, подставляя в качестве значений данные из 1с и отдаете в odbc так как отдавали бы из любого другого приложения... Хороший способ, зря переживаете. Вот первое что выпало по "1c mysql odbc запись в бд"
kbss.ru/blog/1c_epf/47.html Посмотрел по диагонали , вроде ничего так коротко и ясно.