Проблема в том, что на сайт стучится более одного обмена, и они начинают ломиться в одну и ту же таблицу (b_xml_tree).
Нужно проверить не стоит ли в 1С несколько автоматических расписаний на выгрузку.
+ нельзя запускать ручной обмен, если в это время может работать автоматический.
Помимо ошибок обмена бывают еще неприятные последствия на сайте, деактивация части каталога, например.