Реальный кейс: в git репозитории хранится только папка application с вашими классами (контроллерами, моделями и т.п.). Все остальные библиотеки (включая сам фреймворк) другие разработчики и сервер получают сами - через composer update (install). Такой подход, во-первых, ускоряет автозагрузку классов, а во-вторых, позволяет одной строкой добавить новую библиотеку и сразу начать ее использовать.
