Как вариант, задать в cron'е выполнение при запуске системы.
Под sudo:
crontab -e
@reboot ./my_command_here
@reboot в данном случае ключевое слово самого cron'а, которое обозначает "выполнить один раз при запуске системы".
Сам не линукс пользователь, так что возможно есть какой-то более верный способ.