Скорее всего, адаптер "запоминает" некое состояние, заданное драйвером другой системы и не может его сбросить при инициализации другим драйвером. При отключении питании на мат плате все регистры контроллера уходят в ноль, а затем, при инициализации, принимают состояние по принципу "кто первый встал - того и тапки".
А при перезагрузке в ту же ось проблема сохраняется?