1. Есть DBA - ничего. Нет DBA - все.
2. Религия в основном.
3. Читать документацию. Пробовать.
4. Бекап перед апдейтом всегда.
5. Сравнивать самому на типичных для выбранного проекта нагрузках.
6. От задач отталкиваться. Вроде как MyISAM быстрее на запись.
7. Гугл, маны и практика.