Студенческий проект по CMS. Нужна критика и поддержка

спасибо за ваш ответ! теперь мне становится яснее в какую сторону идти!

Интерактивное слияние двух веток в git, среда netbeans?

нет. файлы похожи, но гит воспринимает как полностью разные.
проблема уже решена. суть была в переносах, после приведения файлов к общему формату в обеих ветках и использования mergetool в купе с meld весь мерж стал сказкой.
платформа Linux

Работа функционала автодополнения имен таблиц префиксами в тексте запросов к базе данных?

хотя тут это не спасет… лучше вырезать все недопустимые символы