Чтобы восстановить структуру, я создавал новую пустую базу (кодировка должна совпадать с предыдущей), и в ней таблицы с таким же именем как в старой, с той же кодировкой с единственным полем id (Primary key). После создания таблиц создадутся *.frm файлы новых таблиц. Заменяем старыми frm файлами, ну и запросом достаем структуру нужной таблицы. Как то так, данные я не вытаскивал