ОЗУ, ОЗУ и еще раз ОЗУ.
Как более дешевый паллиатив, можно попробовать перевести базу на более быстрые диски (NAS или SSD).
Но если DB можно закешить в память, то проблем со скоростью чтения у вас не будет :)
На том стоит, например, SAP HANA - пока база помещается в ОЗУ, даже САП работает терпимо. Как база в ОЗУ помещаться перестаёт - ну САП, он и есть САП :)