Если сериализацию вы производите сами, тогда перед записью объектов, запишите длину массива.
data.writeInt(list.size());
for(Object o : list){
data.writeXXX(o);
}
А считывать так:
int size = in.readInt();
for(int i = 0; i < size; i++){
list.add(in.readXXX());
}
