Ну вообще способов и механизмов много. Кто на что горазд и для каждого случая свое.
Сайты тоже разные и тоже по разному все.
Например:
- Через файлики. 1С выгружает файл, а сайт загружает. И наоборот, сайт выгружает, а 1С загружает данные из файла.
В этих файлах может любой формат CSV, XML, JSON, и тд
- На стороне 1С подымается api веб-сервис(Soap, Rest) и на стороне сайта тоже реализуется api. И вот они снова в любом формате обмениваются друг с другом.