Тоже изучаю JS по Флэгагану, и могу сказать что его стоит читать, когда есть уже определение знание JS'а. Например я некоторые его топики пропускаю, и иду на learn.javascript.ru, потому что у Фленагана, ну очень запутанно и неясно. Например взять тему обьектов, то он сначала рассматривает наследование и т.д ООП штуки, что может вспугнуть или запутать тебя на начальных стадиях. Так что если юзать то я б советовал Фленагана + Кантора.