когда выполняется скрипт в хедере, элемент #billing_phone еще не создан браузером, вот и не работает.
обернуть надо
$(document).ready(function() {
$("#billing_phone").mask("(999) 99-99-999");
$("#billing_phone").on("blur", function() {
var last = $(this).val().substr( $(this).val().indexOf("-") + 1 );
if( last.length == 3 ) {
var move = $(this).val().substr( $(this).val().indexOf("-") - 1, 1 );
var lastfour = move + last;
var first = $(this).val().substr( 0, 9 );
$(this).val( first + '-' + lastfour );
}
});
}
или переместить ваш код в футер