Есть такая программка - Shadow Defender
Устанавливаешь, запускаешь и забываешь о проблемах. Как бы кто ни извращался, после перезагрузки винда возвращается в исходное состояние.
BIOS должен видеть диски независимо от того, стоит система или нет. Я тоже так сделал, но у меня как-то все нормально было изначально. Попробуйте в BIOS отключить все диски, потом снова включить. Может быть, стоит обновить прошивку?
