Не специалист по JS, но похоже там можно сделать проще чем стандартный обход графа в ширину/глубину.
Заведите мап объектов, которые будете собирать. Ключи будудт айдишники, а значения - объекты. У объектов заполните uid, parentUID, пустой Map children и пустой список children_list. Так же запомните куда-то id, у которого null отец.
Потом еще одним проходом по списку всех элементов заполните children_list у всех обхектов в Map из прошлого шага (кладите текущий id в список для parentUID).
Потом еще одним проходом по всем элементам этого Map соберите дерево: обойдите список детей и в Map children кладите 'id' => объект из внешнего Map'а по данному ключу. После прохода можно children_list удалить.
Если я правильно понимаю, как работает JS, то у вас будет не копироваться объект а его ссылка. В итоге в Map будут осодержаться вообще все поддеревья ссылыющееся друг на друга. Можно потом вырвать оттуда объект по ключу id корня и Map удалить.