Вот пример того, как можно это сделать на php c помощью Imagick:
$image = new Imagick();
$image->readImage('image1.png');
$image2 = new Imagick();
$image2->readImage('image2.png');
$image3 = new Imagick();
$image3->readImage('image3.png');
$image->compositeImage($image2, Imagick::COMPOSITE_OVER, 0, 0);
$image->compositeImage($image3, Imagick::COMPOSITE_OVER, 0, 0);
// сохранить изображение
$image->writeImage('result_image.png');
// или отобразить изображение
header('Content-Type: image/' . $image->getImageFormat());
echo $image;