Работать по аналогии с папками - в одну папку 2 файла с одинаковым именем не запихнуть, значит нужно создать под каждый файл свою папку, группировать файлы по папкам\неймспейсам по смыслу\функционалу, например: контроллеры Your\Namespace\Controller\Base, Your\Namespace\Controller\Page\Base, Your\Namespace\Controller\Widget\Base