Если Вы хотите заниматься чем-то профессионально, то, я считаю, должны понимать все окружающие вас инструменты, уметь с ними работать и, в том числе, настраивать.
Что babel, что webpack в своих последних итерациях не так сложны, чтобы им посвящать годы жизни.
Выбор за Вами, конечно, но представьте токаря, который может работать только с токарным станком и пользуется ЧПУ, которые ему настроил кто-то другой, а сам понятия не имеет, как что-то изменить в своём инструменте, чтобы выпилить какую-то другую, более сложную деталь. Надеюсь, аналогию Вы уловили)