Как правильно настроить Apache server?

Должно быть так:
10.0.0.2 www.conlineltd.com
10.0.0.2 www.beinstyle.com

Возможно ли установить запрет загрузки файлов в шару по расширению?

Если шара на Windows server, то можно стандартными средствами.