Нашел решение, кому надо, пользуйтесь, все работает как надо:
Добавляем в /bitrix/php_interface/init.php
if ($_REQUEST['PAGEN_1']) {
global $APPLICATION;
$APPLICATION->AddHeadString('<link href="https://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].$APPLICATION->sDirPath.'" rel="canonical" />',true);
}