Погуглил, это ограничение max_execution_time в php.ini. Поменял на 1000 сек. Теперь обновляются все позиции за раз. Время выполнения скрипта - 1 мин 18 сек. Это примерно 0,76 сек на обновление одного товара. Решение оказалось простым. Дмитрий, спасибо за подсказку.
