Технология long polling подразумевает то что ваш сервис, время от времени обращается к серверам телеграм, а их стабильность - оставляет желать лучшего. Когда я последний раз общался на эту тему и сталкивался с тем что сервера были переодически не доступны - люди которые занимаются этим постоянно - рассказали, что сервера телеги очень не очень. По этому обработка ошибок при взаимодействии с ними - важная штука. Либо перевести бота на webhooks, в таком случае, ошибок возникать будет на много меньше.
Если бот не падает и ничего не ломается в нем при этом - тогда ничего страшного, просто в этот раз он данные не получил - получит в следующий.
Избежать получится только на webhook.