WebGL -- это компьютерная графика. Для начала я бы рекомендовал прочитать собственно основы по нему.
Вот тут есть отличный туториал:
https://webglfundamentals.org/webgl/lessons/ru/
Затем можно смотреть на фреймворки, которые упрощают работу с графикой. Это собственно pixijs для 2D графики, threejs для 3D графики. По ним достаточно смотреть их документации. Можно также глянуть
https://threejsfundamentals.org/
Больше список разных фреймворков есть, например,
тут.
А чего-то совсем готового именно для создания сразу таких сайтов, а не работы с графикой вообще -- я не видел. Совсем полуготового конструктора / библиотеки нет. Берётся библиотека для работы с графикой (pixi, three), и создаётся сайт)
