Если вы про Mapbox Studio, то там используется язык стилей CartoCSS, так что цвет вы можете задать какой угодно. Аналогичная ситуация, например, в TileMill. Документация и примеры в сети - есть, вам только нужно понять, как в самих исходных данных обозначено то, что вы хотите определенным образом выделить.
Можете также попробовать редактор Maperitive.
