Могу лишь посоветовать прекратить переносить свой windows-опыт с его "чисткой реестра" в linux. Есть пакетный менеджер, выше написали как можно удалить пакеты, которые больше не используются. Linux не "засоряется" от работы, но бывает в нём копятся логи, если не настроить ротирование или переполняются хранилища. Но глобально, даже если у вас стоит какое-то количество библиотек, которые не используются - это вряд ли окажет как-то воздействие на систему, ну от силы добавит процентов 10 к размеру рута, но не более того.
