ssd в первую очередь нужно ставить. это не из-за веб сервера тормоза, а из-за винчестера
второе если это сервер, то нужно серверную винду ставить, а не винду которая заточена под игры, документы
третье, проверить список запущенных задач, там может быть пачка процессов которые жрут и память, и проц
nginx на порядок лучше апача, он заточен под высокие нагрузки, а для разработок без разницы и пача и nginx одинаково
И еще opcache для php нужно настроить
