shurshur хорошо описал. Добавлю от себя:
snap-пакет - когда нужна новизна версий и более частые выпуски новых версий. Своего рода, Docker, только для пакетов приложений.
apt-пакет - когда нужна стабильность и официальный источник. Такие пакеты обновляются только с обновлением версии ОС.
Допустим, при смене Debian stable на Debian testing - затрагивает всю ОС целиком, но не хочется терять стабильности системы. И тогда, если хочешь новую версию GIMP, которой нет в apt-репозитории - установи snap пакет. Вся стабильность ОС остается.
Можно даже несколько свежих версий ПО установить, не умаляя стабильности в целом.