robots.txt, разумеется, только один и только в корне домена site.com, как иначе то )
sitemap два - для РФ и для РБ в корне site.com, ну так просто правильнее.
В качестве рекомендации добавьте hreflang для указания языковых версий, пример:
<link rel="alternate" href="http://site.com/page1" hreflang="ru" />
<link rel="alternate" href="http://site.com/by/page1" hreflang="be" />
