1. Не очень понятно если честно что Вы подразумеваете под "возвращается через несколько секунд", в коде не понятно как Вы это меряли.
Мне кажется что вероятней всего дело не в SQL:
При "отправке с phpmyadmin", phpmyadmin выводит чистое время работы SQL запроса.
При "отправке с фронтенда" - Вы видите итоговое время всего HTTP запроса, включая: dns поиск, установление соединения до вашего хоста, запуск вашего php фреймворка и его работу, получение данных и их отдача. Промониторьте все эти значения.
На всякий случай если дело все таки в SQL:
2. У Вас могут быть включены всяко-разные кеши, соответственно при повторном вводе запроса через phpmyadmin он отдается быстрее. Можно попробовать отключить кеши и промониторить ситуацию заново.
3. Покажите explain запроса
